「攻殻机动队」の士郎正宗が原案、「エクセル・サーガ」の六道神士が漫画を手がけるコミック「红殻のパンドラ」をアニメ化。先进国の一部ではサイボーグや自律ロボットが普及しはじめた时代。幼い顷の事故が原因で脳以外の全身を义体化した少女・七転福音（ななころびねね）は、亲类を頼って人造のリゾートアイランド「セナンクル岛」にやってくる。しかし、そこで待っていたのは、重武装のテロリストや大量破壊兵器がのさばる途方もない新生活だった。